Felix Ackermann studierte Kulturwissenschaften, Geschichte und Politologie an der Europa-Universität Viadrina sowie an der London School of Economics. Im Rahmen seiner Dissertation, die er 2008 in Frankfurt (Oder) verteidigte, schrieb er eine Kulturgeschichte der Konstruktion von Ethnizität. Die Publikation „Palimpsest Grodno“ erschien in der Reihe „Quellen und Studien“ des Deutschen Historischen Instituts Warschau, wo Felix Ackermann 2006 Stipendiat war. An der Viadrina baute er von 2000 bis 2011 gemeinsam mit deutschen und polnischen Studierenden das Institut für angewandte Geschichte auf, an dem er in Kooperation mit der Universität Leipzig und der Stiftung „Erinnerung, Verantwortung und Zukunft“ von 2008 bis 2011 das Förderprogramm Geschichtswerkstatt Europa weiterentwickelte. Von 2011 bis 2016 lehrte er als DAAD vis. assoc. professor an der European Humanities University in Wilna. An der belarussischen Hochschule im litauischen Exil leitete er ein Zentrum für Deutschlandstudien und war im Laboratory of Critical Urbanism für den Forschungsbereich Historische Stadtanthropologie verantwortlich. Gemeinsam mit der Universität Wilna etablierte er das Colloquium Vilnense als interdisziplinäres wissenschaftliches Diskussionsformat, das er nun vom DHI Warschau aus weiter betreut. Seit Februar 2016 schreibt er im Rahmen seines neuen Forschungsprojekts am Deutschen Historischen Institut eine Geschichte des Strafvollzugs im geteilten Polen-Litauen.
Prof. Dr. Felix Ackermann wechselte zum 1. September 2022 an die Fernuniversität Hagen, wo er ein neues Lehrgebiet Public History aufbaut.